Rok 1819 przynosi kasatę sulejowskiego klasztoru, dobra klasztorne i sam klasztor przejął rząd Królestwa Polskiego i oddał w dzierżawę. W roku 1847 w uroczystość Bożego Ciała kościół i połowa klasztoru uległy zniszczeniu wskutek pożaru. W latach 1852 – 1861 przebywała w klasztorze siostra zakonna Klara Zienkiewiczówna, która to restaurowała spalony kościół. Dach miedziany, stopiony w pożarze pokryto blachą żelazną. Wspomniana zakonnica prowadziła tu ochronkę dla dzieci. W roku 1883 rząd niespaloną część zabudowań i połowę klasztoru sprzedał Marcelemu Pawłowi Czuprykowskiemu, gdzie założył on browar, zaś budynki bliżej kościoła oddano parafii 15.10.1883 roku, co potwierdziła radomska Izba Skarbowa 29 lutego 1884 roku. Od tego momentu następowała powolna ruina opuszczonych obiektów. W czasie działań wojennych w roku 1914 zabudowania klasztorne uległy drobnym uszkodzeniom, a w 1923 r. po raz kolejny ofiarą pożaru padł kościół. Destrukcyjne postępowania kolejnych właścicieli, brak jednego, dobrego gospodarza, działania wojenne I i II wojny światowej spowodowały znaczne uszkodzenia zespołu klasztornego.
Relikty budowli zespołu klasztornego w Sulejowie otaczała zawsze aura tajemniczości, a kiedy stał się on dostępny dla zwykłych ludzi, pojawili się poszukiwacze skarbów i amatorzy sensacji. Amatorskie i nieumiejętnie prowadzone prace wykopaliskowe doprowadziły do nieodwracalnych zniszczeń w architekturze klasztoru. Przy takich właśnie pracach poszukiwawczych podjętych w roku 1946 przez Stanisława Jańca, doprowadzono do rozbiórki późnobarokowej zakrystii, obudowującej prezbiterium kościoła, skarbów szukano w piwnicach i katakumbach klasztornych, które po oględzinach zasypano ziemią i gruzem. Sprofanowano doczesne szczątki zakonników pochowanych w podziemiach klasztornych szukając złota i biżuterii.
Do 1973 r. północna część obwodu warownego dawnego klasztoru cysterskiego była nadal własnością prywatną i uległa kompletnej ruinie. W 1973 r. Skarb Państwa wykupił część obiektu tzw. budynki gospodarcze od właścicieli prywatnych. Dnia 28 listopada 1973 r. podpisany został przez Wiceprzewodniczącego Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Kielcach i Dyrektora „Miastoprojektu” uroczysty akt przekazania opactwa za symboliczną złotówkę (w rzeczywistości była to kwota 600 tysięcy złotych) na rzecz Biura Projektowo – Badawczego Budownictwa Ogólnego „Miastoprojekt 2” w Łodzi.
Po przyjęciu Opactwa pracownicy „Miastoprojektu” opracowali projekt prac renowacyjnych, został on zrealizowany za pośrednictwem Przedsiębiorstwa Łódzkiego Zjednoczenia Budownictwa oraz przy pomocy szeregu instytucji i osób wspierających. Dnia 1.12.1989 r. na podstawie umowy podpisanej przez Państwowe Przedsiębiorstwo Turystyczno – Handlowe „Trybunalskie Export – Import” w Piotrkowie Trybunalskim, a „Łódzkim Przedsiębiorstwem Usług Socjalnych Budownictwa” w Łodzi nowym gospodarzem obiektu za zezwoleniem Naczelnika Miasta i Gminy Sulejów zostało PPTH „Trybunalskie” w Piotrkowie. Obecnie w zabytkowym kompleksie budowli pocysterskich mieści się trzygwiazdkowy hotel „Podklasztorze”.
Badania archeologiczne, które prowadzono jednocześnie z pracami renowacyjnymi obiektu, dały wyniki badań a te zaś pozwoliły na wykonanie rzetelnej dokumentacji techniczno – budowlanej i prowadzenie dalszych prac remontowych bez zbytniej niepotrzebnej ingerencji w działalność średniowiecznych architektów klasztoru. Ekspertyzy badań archeologicznych, wyjaśniły także powód postępującej statyki kościoła. Miała na to wpływ adaptacja południowego skrzydła klasztoru, na hotel, gdzie inwestor zaplanował basen kąpielowy, a do jego budowy musiano odspoić prawie 140 m3 skały, poprzez wystrzały, które naruszyły konstrukcję nośną kościoła. Ząb czasu nie oszczędził również kościoła, groził on zawaleniem. Wówczas decyzją ówczesnego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków, Zygmunta Błaszczyka z Piotrkowa Trybunalskiego, pismem z dnia 15 lutego 1977 r. nakazał on zamknięcie kościoła. Ta niefortunna decyzja przyczyniła się do zamknięcia świątyni na 22 lata.
Po 167 latach w roku 1986 powrócili do Opactwa prawowici gospodarze – ojcowie cystersi i podjęli dzieło kompleksowego remontu macierzystych zabudowań. Powrót cystersów do Sulejowa położył kres postępującej dewastacji zabudowań sakralnych i gospodarczych. Nie było to przedsięwzięcie łatwe. Klasztor był prawie zniszczony i wymagał generalnej renowacji. 5.02.1990 r. powołano do życia Fundację „Obiekt zabytkowy Opactwo Cystersów w Sulejowie”, celem Fundacji jest odbudowa i konserwacja zabytkowych obiektów opactwa pochodzących z XII – XV wieku. Klasztor podpisał również porozumienie z dyrektorem Ośrodka Badań i Dokumentacji Zabytków w Łodzi w dniu 12.10.1988 r., o przeprowadzenie badań wykopaliskowych na terenie dawnego opactwa. Kierownictwo prac powierzono Jerzemu Augustyniakowi, archeologowi z Muzeum Archeologicznego – Etnograficznego w Łodzi, przy współpracy z mgr Marią Augustyniak – historykiem sztuki, prof. dr hab. Andrzejem Grzybkowskim – konsultantem ds. architektonicznych z Instytutu Sztuki UW oraz dr Robertem Kunkelem z Instytutu Historii Architektury Politechniki Warszawskiej. Prace były prowadzone z przerwami w latach 1989 – 2003. Przebadano powierzchnię około 620 m2.
Obecny wygląd zewnętrzny i wewnętrzny dawnego opactwa cystersów, to wynik żmudnej pracy archeologów, historyków sztuki i pracowni konserwatorskich. Wynik prac jest naprawdę imponujący i w pełni odzwierciedlający piękno tej romańskiej świątyni. Kościół został udostępniony wiernym w 1999 r. i cały czas trwają w nim prace renowacyjne. Etapy prac przedstawiają się następująco:
W latach 1984 – 1999 trwały prace konserwatorskie przy poszczególnych elementach wystroju świątyni zewnątrz i wewnątrz. W 1984 roku przystąpiono do renowacji portalu północnego bocznego. Gruntowej konserwacji poddano nadproże portalu, popękane elementy zostały sklejone a ubytki w kruszywie piaskowca wypełniono zaprawą z żywic epoksydowych. Po wykonaniu zabiegów konstrukcyjnych portal oczyszczono, zdezynfekowano i odsolono. Powierzchniowe ubytki wypełniono podbarwioną zaprawą wapienno – piaskowa. Jednocześnie przystąpiono do renowacji portalu głównego. Pierwszym elementem, który zrekonstruowano był próg i schody portalowe. Wykonano je z bloków piaskowca o długości od 60 do 120 cm. Fasada portalu została oczyszczona i zakonserwowana.
W roku 1987 ojcowie przystąpili do renowacji zniszczonych stalli. Prace renowacyjne trwały do 1996 roku. Stalle po demontażu zostały przewiezione do pracowni konserwatorskiej w Kielcach. Ich stan techniczny był zły. Drewno uległo zmurszeniu. Przy elementach dekoracji ażurowej ubytki dochodziły do 70%. Brakowało wiele fragmentów dekoracji architektonicznej. Złocenia i srebrzenia w znacznym stopniu były przetarte i uszkodzone w 80% powierzchni. Monochromia całkowicie została przemalowana. Prace konserwatorskie obejmowały dwukrotną dezynsekcję środkami owadobójczymi zastosowano tlenek bromu. Usunięto wszystkie gwoździe, elementy ruchome połączono za pomocą drewnianych kołków na tzw. „jaskółczy ogon” według pierwotnego sposobu montowania.
Drobne ubytki uzupełniono masą sporządzoną z przesianego pyłu drzewnego i kleju stolarskiego, zaś większe ubytki uzupełniono drewnem lipowym. Wykonano retusz warstwy malarskiej. Zagruntowaną powierzchnię pomalowano farbą olejną, zmodyfikowaną poprzez dodanie talku, kredy pozłotniczej, wosku mieszaniny rozcieńczalników, na kolor jasnozielony, taki, jaki był w oryginale.
W roku 1998 r. gospodarze obiektu przystąpili do renowacji posadzki w kościele. Posadzka wykonana była z płyt piaskowca i pochodziła z 1858 roku. Pierwotna, romańska całkowicie zniszczona, została zrekonstruowana. W prezbiterium pozostawiono oryginalną posadzkę z dwubarwnych płytek marmurowych ułożonych w szachownicę, ubytki wypełniono żywicą, natomiast w nawie głównej i nawach bocznych założono nową posadzkę z płytek ceramiczno – kamiennych w odcieniu ciemny cynober, przypominające oryginał. Położono 5400 płytek o wymiarach 23/23/6 cm. Całość pokryto żywicą.
Dużym osiągnięciem obecnego proboszcza, o. Augustyna Węgrzyna OCist, który został skierowany tu do pracy duszpasterskiej z klasztoru cystersów w Krzeszowie w 2001 r., było rozpoczęcie prac renowacyjnych przy Arsenale. Z funduszy pozyskanych z Departamentu Ministerstwa Kultury i Sztuki i funduszy własnych parafii, wymieniono pokrycie więźby dachowej baszty Arsenału z zachowaniem średniowiecznego wzoru dachówki typu „mnich – mniszka”.
W kwietniu 2007 r. rozpoczął się demontaż ołtarza „Św. Trójcy”, który gruntownie odrestaurowała Pracownia Konserwatorska „Aureus” z Opoczna. Każdy element ołtarza został zdjęty, sfotografowany i opisany. Prace demontażowe trwały 2 dni. Zakończenie prac renowacyjnych tegoż ołtarza przewidziano za 2 lata. Odnowiony ołtarz zamontowano w listopadzie 2009 r.
Obecnym gospodarzem i zarazem proboszczen jest O. Augustyn Węgrzyn OCist.
O. Justyn Jakub Hajkowski OCist
Wieloletnim współgospodarzem parafii był również śp. O. Tadeusz Ziomek OCist.
.
