Pomimo wielu trudności natury formalnej w roku 1176 do Sulejowa przybywa konwent dwunastu mnichów z burgundzkiego Morimond, osiedlając się na prawym brzegu Pilicy, w pobliżu wsi Sulejów. Inicjatorem i wykonawcą tego przedsięwzięcia był Kazimierz Sprawiedliwy, książę wiślicki i sandomierski, który na krótko przed 1176 r. postanowił dokonać pobożnej fundacji na obrzeżach swego władztwa. Klasztor zabiegał też u papieży o potwierdzenie praw do wcześniej zgromadzonego majątku. Bulle protekcyjne wystawili cystersom z Sułejowa Honoriusz III oraz Grzegorz IX.W pocz. XIII w., dysponując już sporym majątkiem, cystersi przystąpili do budowy nowej, okazalszej świątyni. W 1232 r. arcybiskup gnieźnieński Pełka dokonał aktu jej konsekracji (pw. NMP i św. Tomasza Becketa) i z tej okazji nadał klasztorowi dalsze dziesięciny. W następnych latach przystąpiono do budowy kapitularza, a przedsięwzięcie to zakończono ok. poł. XIII w. W roku 1232 klasztor przejął, z nadania księcia wielkopolskiego Władysława Odonica, tzw. posag dobrowski. Było to sześć wsi i dziesięciny, przeznaczone przez bł. Bogumiła na działalność misyjną w Prusach. Natomiast w roku 1252 cystersi z Sulejowa przejęli uposażenie opactwa szpetalskiego. Kapituła generalna wyznaczyła w poł. XIII w. klasztor sulejowski do obsadzenie nowej placówki, która miała powstać na pograniczu kujawsko – pomorskim w Byszewie. Był to okres szczytowego rozwoju klasztoru pod rządami opata Piotra. Klasztor w poł. XIII w. był w posiadaniu ok. pięćdziesięciu wsi i czterdziestu pięciu dziesięcin z wsi, dysponował obszernym immunitetem, kościołami, targami, licznie zgromadzonymi regaliami oraz przypisańcami osadzonymi w poszczególnych wsiach. Dynamiczny rozwój klasztoru został jednak dość niespodziewanie zahamowany. Już w 1 poł. XIII w. cystersi sulejowscy rozpoczęli spory z norbertanami osadzonymi w pobliskim Witowie (głównie o dziesięciny), a także z okolicznym rycerstwem.

Spowodowało to konieczność obrony stanu posiadania przed sądami książęcymi. Brak wiarygodnych świadectw prawnych wymusił na mnichach sulejowskich dokonywanie licznych fałszerstw dyplomatycznych. Obok tych kłopotów i ucieczkami przypisańców w 1259 r. dobra opactwa zostały częściowo złupione przez drugi najazd Tatarów. Wszystkie te czynniki, a także ogromny wzrost majątku i rozproszenie go po ziemiach krakowskiej, sandomierskiej, łęczycko – sieradzkiej, Wielkopolsce, Pomorzu i Kujawach musiały powodować narastanie problemów.

Zapewne to wszystko wywołało kryzys opactwa, który określono w 1285 r. mianem zgorszenia. Interweniowali: kapituła generalna, opat Morimondu Hugo oraz arcybiskup gnieźnieński Jakub Świnka. W wyniku wizytacji opatów z Wąchocka, Koprzywnicy i decyzji kapituły generalnej z 1285 r. usunięto konwent sulejowski do Byszewa. Klasztor sulejowski został natomiast zasiedlony przez mnichów z Wąchocka, którzy przybyli tam niezwłocznie, na czele z opatem Janem. Olbrzymie dobra klasztorne zostały podzielone między klasztory sulejowski i byszewski. Ten drugi, obok swego pierwotnego uposażenia, wszedł w posiadanie posagu szpetalskiego i dobrowskiego, natomiast klasztor w Sulejowie utrzymał swe dobra w Małopolsce oraz ziemiach łęczyckiej i sieradzkiej. Do zażegnania kryzysu w opactwie sulejowskim częściowo przyczyniła się opieka księcia Władysława Łokietka, jednego z potomków fundatora klasztoru. W roku 1308 wystawił on klasztorowi obszerny przywilej, w którym poświadczył dotychczasowe nadania oraz uwolnił mieszczan sulejowskich od opłat targowych w Piotrkowie i Żarnowie. W tymże roku, w kolejnych przywilejach, zwolnił mieszczan sulejowskich od ceł w swym państwie i wypowiedział się w sprawie dzierżawy wsi Gojców przez Stanisława i Tomisława Mojkowiców. W 1318 r. odbył się w Sulejowie słynny zjazd (18 – 23 czerwca), na którym uchwalono tzw. suplikę sulejowską dotyczącą przyszłej koronacji Władysława Łokietka. Przed rokiem 1296 we wsi Sulejów lokowano miasto na prawie niemieckim (magdeburskim), a wcześniej założono tam kościół pw. św. Floriana. Po roku 1294 cystersi nabyli Skrzynno, gdzie od XII w. działała komora celna i targ, a od XIII w. – kościół. W roku 1308 Władysław Łokietek udzielił zgody na lokowanie w Skrzynnie ośrodka miejskiego na prawie niemieckim. W wieku XIV-XVII wzniesiono, poza czworobokiem zabudowań klasztornych, obwód warowny (gotycki i renesansowo-barokowy), co było wynikiem okrzepnięcia opactwa po wydarzeniach z ok. 1285 r. W wieku XV w klasztorze przebywali m.in. Władysław Jagiełło i Kazimierz Jagiellończyk. Ten pierwszy wystawił klasztorowi serię przywilejów (w 1388, 1405, 1406 i 1431). W roku 1431 klasztor został spalony przez Tatarów. W tym czasie w klasztorze było ok. dwudziestu pięciu zakonników. W wieku XVI w zabudowaniach klasztornych często zatrzymywali się legaci papiescy. Kościół parafialny pw. św. Floriana był na pocz. XVI stulecia objęty prawem patronatu i prezenty opata i konwentu sulejowskiego. W roku 1640 na miejscu dotychczasowego drewnianego kościoła zaczęto wznosić murowany, który dopiero w 1748 r. konsekrował biskup łucki Franciszek Kobielski. W roku 1655 w klasztorze przebywał Jan Kazimierz. W tym samym roku w wyniku działań wojennych w czasie potopu szwedzkiego zniszczeniu uległa cała osada, która w XVI w. uchodziła za niewielkie miasteczko. W wieku XVIII klasztor otrząsnął się ze zniszczeń spowodowanych najazdem szwedzkim, ale w 1731 r. wybuchł niszczący pożar. Jeszcze pod koniec XVII w. wznowiono toczące się z przerwami od XIII w. spory z klasztorem Norbertanów w Witowie o graniczące ze sobą posiadłości. Ostatecznie spory załatwiono polubownie dopiero w 1742 r. Jednak niemal równocześnie rozpoczęto spory z mieszczanami z Sulejowa i Mogielnicy (poł. XVIII w.). Mieszczanie skarżyli się na ucisk ze strony klasztoru. Konflikt rozstrzygnęła na korzyść klasztoru kancelaria królewska. W czasie konfederacji barskiej klasztor poniósł liczne szkody, a w 1790 r. olbrzymi pożar objął zarówno kościół, jak i zabudowania klasztorne. W roku 1772 opactwo zamieszkiwało dwudziestu dziewięciu zakonników, a pod jego opieką znajdowały się cztery kościoły parafialne w: Sulejowie, Bałdrzychowie, Łaszowie i Mogielnicy. W następnych latach liczba zakonników wyraźnie spadła, gdyż w 1808 i 1818 r., czyli tuż przed kasatą, było ich tam piętnastu. W roku 1793 klasztor i miasteczko zajęli pruscy huzarzy, a w roku 1795 (po trzecim rozbiorze) miasto znalazło się po pruskiej stronie granicy, klasztor zaś przejęli Austriacy. W roku 1819 władze carskie położyły kres istnieniu w Sulejowie klasztoru Cystersów dokonując jego kasaty. Mienie poklasztorne przejął rząd Królestwa Polskiego. Biblioteka klasztorna liczyła 2312 książek, w tym dzieła teologiczne i liturgiczne. Kościół w Sulejowie (konwentualny) przeznaczono na parafię i oddano duchowieństwu diecezjalnemu. W roku 1823 przebywało tam jeszcze dwóch cystersów. Kolejny pożar kościoła i klasztoru nastąpił w 1847 r., a odbudowano je w latach 1852-1861. W 1860 r. w murach klasztornych umieszczono ochronkę dla dzieci. W czasie działań wojennych w roku 1914 zabudowania klasztorne uległy drobnym uszkodzeniom, a w 1923 r. po raz kolejny ofiarą pożaru padł kościół. W latach 1923-1925 prowadzono więc prace konserwatorskie. Pewne szkody spowodowały też działania wojenne podczas drugiej wojny światowej, stąd w latach 1946-1950 po raz kolejny prowadzono prace konserwatorskie. Przez cały ten czas obiekt należał do duchowieństwa diecezjalnego. W ostatnich latach kościół i obiekty klasztorne zwrócono cystersom (od 1986 rezydencja) i obecnie znajduje się tam przeorat zwykły obsadzony przez cystersów z Wąchocka.